Está representada por una bandera blanca con un cantón rojo de tres partes de largo por dos de ancho. Los colores rojo y blanco son los colores tradicionales de la ciudad.
La contraseña marítima de la ciudad fue establecida por Real Orden el 30 de julio de 1845. Se clasificó como tal una bandera blanca con un troquel superior rojo cerca de la vaina. El troquel debía ser cuadrado, con uno de sus lados igual a la mitad de la longitud de la vaina. El emblema del Consulado de Bilbao había sido anteriormente blanco con una Cruz de Borgoña carmesí, al menos desde 1511. La conexión de la ciudad con las operaciones comerciales y marítimas fue históricamente fuerte, e incluso compartieron sede. El nuevo ayuntamiento se inauguró en 1603 y albergó la sede del consejo municipal y del Consulado de Bilbao. Debido a la estrecha relación entre ambos, los habitantes consideraban la bandera del Consulado como la bandera de la ciudad.
La población, al igual que el gobierno municipal, asumió el concepto de la bandera marina en 1845 y la adoptó como propia. Ya se utilizó como símbolo de la ciudad en la inauguración de la línea de ferrocarril Bilbao-Miranda de Ebro, y se aceptó de forma permanente en 1895, aunque no hubo resolución al respecto.
Aunque siempre se ha presumido por parte de la institución municipal y de los vecinos, hubo una discusión en un pleno municipal sobre la determinación de una bandera para la localidad a principios del siglo XX. «Se discutió el uso del color rojo, del Señorío de Vizcaya, o de las aspas de la cruz de San Andrés, pero no se llegó a ninguna conclusión.
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